Znanstveno tumačenje Kur'ana ogranak je racionalističkog tumačenja Kur'ana, a kao metod tumačenja osobeno je po tom što kur'anski tekst čita pod uticajem uvijek rastućih znanstvenih otkrića i spoznaja. U El-Itkanu se govori da je izvjesni El-Mursi već pokušao (prije pet ili šest vijekova) znanstveno tumačiti Kur'an i, zapravo, zasnovati ga. Naravno, od samih početaka tumačenja Kur'ana uočava se da postoje tendencije da se neki kur'anski tekst čita i tumači u skladu sa grčkom (ili ptolomejskom) kosmologijom, grčkom geografijom itd. Fahruddin Razi je u tome značajan primjer.
Znanstveno tumačenje Kur'ana kao metod naročito oživljava u XIX. i XX. stoljeću, kada je islamski svijet u dekadenci, a evropski u epohi sveopćeg racionaliziranja. Pod uticajem zapadnih (evolucionističkih, fizikalnih i drugih) spoznaja mufessiri su tumačili sve što je spomenuto u Kur'anu. Dakle, za specificiranje nekog kur'anskog termina (tahsis) ne služi više hadis ili izreka ashaba ili tabi`ina, već se koristi nauka.
Kur'anske riječi se često, nategnutim lingvističkim analizama, trgaju iz svoga konteksta (sijak) i muffesir, sa znanstvenim spoznajama, učitava u njih svoja, često proizvoljna, tumačenja. Protivnici znanstvenog metoda u tumačenju Kur'ana tako prigovaraju da je osnovna njegova slabost nepoštivanje konteksta Kur'ana. Ne može se u kur'anske riječi pohraniti sve što naučnici "otkriju",
pa je to i glavni razlog što je ovaj metod tumačenja Kur'ana u ozbiljnoj krizi.
Historijsko tumačenje Kur'ana
Ovaj metod zasnovan je u nekim svojim primordijalnim oblicima već u doba ashaba i tabi`ina. Poznato je da je četvrti halifa `All ibn Ebi Talib posjedovao zbirku Kur'ana koja je ustrojena po redoslijedu objavljivanja, a i on i Ibn Mes`ud, kako bilježi Tradicija, govorili su da ne postoji kur'anski ajet a da oni ne bi znali gdje je objavljen, kada je objavljen, "zbog čega" je objavljen, i tome slično. Takav način poznavanja Kur'ana u izvjesnoj je mjeri historijski.
Nadalje, cjelokupna nauka sebebi-nuzula da se shvatiti kao historijsko proučavanje Kur'ana, jer sebebi-nuzul specifičnije određuje šta u Kur'anu označavaju neke riječi s obzirom
na vrijeme objavljivanja kur'anskih cjelina.
Međutim, historijski metod u tumačenju Kur'ana u pravom smislu te riječi sastoji se u tačnom utvrđivanju gdje i kada su živjeli ljudi spomenuti u Kur'anu (Božiji poslanici, Je'džudž i Me'džudž, faraon, Merjema, Musaova, a.s., majka itd.), gdje su i kada živjeli narodi koje Kur'an spominje (`Ad, Semud, Ejka, Irem itd.), te da li i danas postoje tragovi (pećine, stijene, natpisi, građevine itd.) na temelju kojih bi se moglo utvrditi konkretnije o čemu Kur'an govori, na šta aludira, odnosno da se iznađe historijska specifikacija kur'anskog kazivanja. Paleografija (nauka o pismima u starom i srednjem vijeku) igra vidnu ulogu u historijskom metodu tumačenja Kur'ana.
Tako se upoređuju rani kur'anski rukopisi i natpisi na pojedinim stijenama u Arabiji, iznalaze se sličnosti između arapskog pisma te drugih pisama semitskih jezika (hebrejskog, aramejskog, sirskog) a sve te spoznaje koriste da se tačno specificira šta pojedine kur'anske riječi znače, da se odgonetne bar približno značenje socionima koje Kur'an spominje, itd.
Također se koriste drugi izvori koji govore o tim narodima (a koji su pisani u kršćanskim samostanima zemalja Šama, u hebrejskim sinagogama Bliskog istoka, u Perziji) te se uporeduju s Kur'anom i "informacijama" datim u njemu. Metod historijskog proučavanja i tumačenja Kur'ana značajan je i glede uporednog proučavanja Kur'ana i Biblije, njihova jezika, tematike općenito, pa i "historijskih" navoda koje te knjige sadrže.
Tematsko tumačenje Kur'ana
U novije vrijeme izdiferencirao se još jedan metod tumačenja Kur'ana - tematski (et-tefsirul-mevdu´ijj). Sastoji se u tome da se na jednom mjestu proučavaju svi ajeti Kur'ana koje objedinjava ista tema. Tako imamo tefsire koji govore samo o položaju npr. žene u islamu, o islamu i kamati, o islamu i idolopoklonstvu, itd. itd. Također se proučavaju ajeti koji govore o poslanicima i poslanstvu, o eshatologiji, o ovom svijetu, i sl.
Naravno, ovaj metod tumačenja Kur'ana ne smije zaboraviti na derogirane i derogirajuće ajete, postepenost objave Kur'ana, povode objave Kur'ana i sl., odnosno, ne smije se samo kompilirati kur'anski tekst bez unutarnjeg ustrojstva kur'anskih ajeta u skladu sa islamskim učenjem i islamskim naslijeđem koje se razvilo u okrilju fundamentalnih tokova tefsira.
U ovom metodu uviđa se i jedna čisto ljudska i historijska težnja da se u kur'anskim kazivanjima otkriju teme, jer, kao što je više puta na prethodnim stranicama rečeno, Kur'an nije knjiga koja sadrži poglavlja po "temama". Otuda će kritičari ovog metoda u tumačenju Kur'ana primijetiti da se ovdje zanemaruje tevkifi redoslijed kur'anskih poglavlja, to jest, ustrojstvo Kur'ana kakvo je došlo Muhammedu, a.s., diktatom Objave. S druge strane, uočavat će se da ovaj metod nudi mnogobrojne prednosti u odnosu na ostale metode u tumačenju Kur'ana jer uzima u obzir tekstualnu evidenciju Kur'ana, a to je nužno u tumačenju svakog temeljnog vjerskog teksta.
Danas se, uglavnom, pišu ovakvi tefsiri, tj. kraći ogledi o važnijim "temama" Kur'ana. Ovaj metod često se i zloupotrebljava i, sudeći po knjigama koje su napisane po njegovim uzusima, uočava se da se često ne poštuju sebebi-nuzul, derogirani i derogirajući ajeti, niti prvobitno značenje kur'anskih riječi. Očito je da se radi o nezrelim sintezama i nasilnim konstrukcijama sačinjenim od kur'anskih ajeta kako bi se moglo sve dokazati Kur'anom, premda
Kur'an nije o mnogo čemu tome rekao ni riječi.
Ostale metode tumačenja Kur´ana
Na kraju treba naznačiti da se ovdje ni izdaleka nisu obuhvatili svi metodi u tumačenju Kur'ana. Tako se može govoriti o ultra ši`ijskom metodu koji Kur'an čita kao knjigu o porodici Muhammeda, a.s., o filozofskim čitanjima Kur'ana gdje se u Kur'an učitavaju filozofska značenja iz tradicije antičke Grčke, helenizma, stare Perzije, kršćanske skolastike, i sl. Važan metod u proučavanju Kur'ana predstavlja i orijentalistički kritičko-historijski pristup Kur'anu.
On negira hadis i Muhammedove, a.s., izreke o Kur'anu, negira često autentičnost Kur'ana, proglašava kiraete za posebne zbirke Kur'ana, itd. Poseban metod tumačenja Kur'ana danas može se uočiti u tzv političkim tumačenjima Kur'ana.
Nastala su brojna djela o Kur'anu i državi, Kur'anu i revoluciji, kur'anskom konceptu zajednice, Kur'anu i pravu, itd., itd. Političko tumačenje Kur'ana ne treba brkati sa pravnim ili fikhskim tumačenjem Kur'ana. U ovom posljednjem mufessir se kreće isključivo u polju kur'anskih tema kao što su post, zekat, nasljedstvo, testament, brak, itd. Fikhsko tumačenje Kur'ana je, takoder, pravo klasično tumačenje kojem se posvetila velika pažnja, a neki mufessiri (kao npr. Kurtubi) posvetili su mu mnoge stranice svoga komentara Kur'ana.
Svi metodi u tumačenju Kur'ana pokazuju da je Kur'an neiscrpna Božija Riječ koja će se uvijek prevoditi kroz tefsire, ali neće nikada biti iscrpljena. Otuda su klasični komentatori Kur'ana govorili da nakon svega, nakon bilo kojeg tumačenja, ostaje čovjekova dužnost da kaže da "Bog najbolje zna" (Allahu ´alemu) šta je rekao.